LÍNEA FILOGENÉTICA .-
Está muy bien documentado que la transferencia de material genético entre procariotas ayuda en la adaptación a nuevos ambientes ecológicos, y en unos casos después de un evento de TGH los organismos hospederos también adquieren alguna resistencia a antibióticos. Aunque este tipo de selección es heredable entre estas especies, no contribuye al gran esquema evolutivo que se nos presenta para explicar el origen de nuevas formas morfológicas y tampoco se puede decir que aumenta la información biológica en el sentido de introducir nueva información en la biosfera. Lo más que se puede decir es que la TGH solo reutiliza información genética existente. Incluso, la mayoría de los genes transferidos (y cambios en general) resultan en una evolución neutral donde se encuentra solo una inmensa variación genética sin producir una variación fenotípica, es decir, de rasgos físicos o conductuales. La TGH implica todavía más la realización de que el árbol filogenético se desarraiga cuando la variación genética se desprende de una cuenta de progresión evolutiva lineal y gradual. Es decir, las secuencias que no concuerdan con el patrón requerido para crear relaciones filogenéticas trozan las ramas de ascendencia común. Esto ha creado el ímpetu de interpretar tales eventos de TGH como telarañas que unen las ramas del árbol para no perder el patrón representante del modelo Darwiniano.
Esto también implica que cuando no hay manera de confirmar un evento de TGH, se infiere para solucionar discordancias entre datos de supuestas relaciones de ascendencia común, haciendo solo relaciones imaginarias no sujetas a la falsificación.
Aun más, una de las preguntas que surge sobre esta propuesta es de cómo la TGH afecta la línea germinal en organismos complejos para que los cambios adaptivos que supuestamente adquieren los organismos hospederos sean heredados por la siguiente generación al promover el cambio necesario para explicar la diversidad biológica. Hasta este punto no habido una respuesta convincente.
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