biología - biología sistemática

los virus : Geminiviridae es una familia de virus que infectan plantas. Tienen genomas de ADN circular de cadena única ambisentido y se incluyen en el Grupo II de la Clasificación de Baltimore. El genoma puede ser un solo segmento de 2500-3000 nucleótidos o dos segmentos de tamaño similar. Tienen una cápside alargada formada por la unión de dos icosaedros T=1 incompletos (de ahí el nombre de gemelos). La cápside tiene un diámetro de 18-20 nm y una longitud de unos 30 nm. Los virus con genomas bipartitos (Begomovirus sólo) tienen estos componentes separados en dos partículas, y por lo tanto, se requiere más de una partícula de virus para infectar una célula.

Estos virus son responsables de una cantidad significativa de daños en las cosechas de todo el mundo. Las epidemias por geminivirus se deben a una serie de factores, tales como el transporte de material vegetal infectado, la expansión de la agricultura hacia nuevas zonas de cultivo y la expansión de los vectores que transmiten el virus de una planta a otra. Además, la recombinación de diferentes geminivirus infectando a una planta podría dar lugar a que un nuevo y posiblemente virulento virus se desarrolle.¹

Geminiviridae incluye los siguientes géneros:

• Género Mastrevirus; especie tipo: Virus del estriado del maíz.
• Género Curtovirus; especie tipo: Virus de la rizomanía de la remolacha.
• Género Begomovirus; especie tipo: Virus del mosaico dorado de la haba.
• Género Topocuvirus; especie tipo: Virus del seudorizado del tomate.

La transmisión se realiza mediante cicadellas (Mastrevirus, Curtovirus), moscas blancas (Begomovirus) o membranácidos (Topocuvirus).Los genomas de los geminivirus codifican solo unas pocas proteínas, por lo que son dependientes de la maquinaria de la célula huésped para la replicación: estos incluyen factores tales como la ADN polimerasa y probablemente las polimerasas de reparación, con el fin de amplificar sus genomas, además de los factores de transcripción. Los geminivirus se replican a través de un mecanismo de círculo móvil similar al de los bacteriófagos tales como M13 y muchos plásmidos. La replicación se realiza en el núcleo de la célula vegetal infectada. En primer lugar, el ADN circular de cadena única se convierte en una doble cadena circular intermedia. Este paso implica el uso de enzimas de reparación del ADN celular para producir una cadena complementaria de sentido negativo usando la cadena positiva como plantilla.

El siguiente paso es la fase del círculo móvil, en donde la cadena viral es situada en un lugar específico para dar inicio al proceso de replicación.² Este proceso en un núcleo eucariota puede dar lugar a concatémeros de doble cadena que constituyen formas intermedias del genoma viral. Nuevas formas de ADN de cadena única del genoma del virus (de sentido positivo) se forman probablemente por interacción de las proteínas con el ADN intermedio, puesto que los genomas que carecen del gen CP no forman ADN monocatenario.

El ADN monocatenario es envasado en partículas germinativas en el núcleo. No está claro si estas partículas pueden salir del núcleo y transmitirse a las células vecinas como viriones, o son las cadenas monocatenarias asociadas con la cubierta proteínica que a través de un movimiento de proteínas encaminan el genoma de célula a célula a través de los plasmodesmos.³

Los geminivirus tienden a ser introducidos en células vegetales diferenciadas a través de las piezas bucales de un insecto vector. Sin embargo, estas células generalmente carecen de las enzimas necesarias para la replicación del ADN, lo que hace difícil que el virus se replique. Para superar esta dificultad, los geminivirus pueden inducir a las células vegetales a reentrar en el ciclo celular desde el estado inactivo a fin de que pueda llevarse a cabo la replicación viral.

 

Hepadnaviridae es una familia de virus que causan infecciones en hígado de humanos y de animales. Los hepadnavirus tienen un genoma muy corto de ADN parcialmente de doble hélice y parcialmente de hélice simple, circular. Como su replicación involucra un ARN intermedio, se incluyen en el Grupo VII de la Clasificación de Baltimore. Comprende dos géneros:

• Género Orthohepadnavirus; especie tipo: Virus de la hepatitis B.
• Género Avihepadnavirus; especie tipo: Virus de la hepatitis B del pato.El genoma consiste en dos segmentos desiguales de ADN, una es en orientación de sentido negativo y la otra, más corta, es de sentido positivo. Codifica tres marcos abiertos de lectura (ORF) y el virus tiene cuatro genes conocidos que codifican la proteína del núcleo, la polimerasa del virus, los antígenos de superficie (preS1, preS2, y S) y la proteína X. Se piensa que la proteína X es no estructural, aunque su función y significancia no es totalmente comprendida.Los hepadnavirus tienen un modo de replicación muy peculiar; se replican a través de un ARN intermediario (que ellos transcriben de vuelta en ADN usando transcriptasa inversa). Esta transcriptasa inversa se une covalentemente a un cebador corto de 3 o 4 nucleótidos.¹ Muchos hepadanavirus solo se replican en hospederos específicos, por lo que los experimentos in vitro se hacen con mucha dificultad.
  El virus se une a receptores específicos de la célula y la partícula entra en el citoplasma. Esta luego es transladada al núcleo donde el ADN parcialmente de doble hélice es "reparado" por la célula para formar un círculo completo de ADN. Entonces se somete a la transcripción por la polimerasa de la célula hospedante y lo transcripto es trasladado a los ribosomas de la célula hospedante. Se forman nuevas partículas de virus con lípidos adquirido del retículo endoplasmático de la célula hospedante y el genoma es empaquetado en esas partículas que luego salen de la célula.
  Las células infectadas por hepadnavirus traducen la proteína denominada antígeno de superficie del virus muchas veces hasta que hay demasiada proteína para cubrir los viriones formados de estas proteínas. A continuación, estas proteínas se agregan para formar barras; las cuales constituyen el "antígeno de superficie de la hepatitis B" o "antígeno australiano" que es liberado de la célula y que genera una fuerte respuesta inmune del hospedante. Se sabe que muchos pacientes que entran en contacto con el virus son capaces de eliminar la infección solos, aunque algunos no lo son y comienza una hepatits fulminante que causa severos daños al hígado y que, en poquísimos casos, origina un carcinoma hepatocelular primario.

  

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Flaviviridae es una familia de virus que se propagan principalmente por vectores artrópodos (especialmente garrapatas ymosquitos). Incluye los siguientes géneros:

• Género Flavivirus (la especie tipo es el Virus de la fiebre amarilla, también incluye el Virus del Nilo Occidental y el Virus del dengue). Se han identificado en total 67 virus en humanos y animales.
• Género Hepacivirus (la especie tipo es el Virus de la hepatitis C, único miembro).
• Género Pestivirus (la especie tipo es la Virus de la diarrea bovina, también Virus de la peste porcina). Otras especies infectan mamíferos no humanos.

Estos virus contienen un genoma ARN monocatenario positivo y por lo tanto se incluyen en el Grupo IV de la Clasificación de Baltimore. El genoma es lineal, no segmentado, con una longitud de 9,6 a 12,3 kilobases.¹ Los terminales 5' de Flaviviruspresentan un cap del nucleótido metilato mientras que otros miembros de esta familia no lo tienen y codifican un punto de entrada ribosómico. Los Flaviviridae carecen de un extremo 3' de poliadenilado.² Las partículas virales presentan envoltura y son esféricas, de alrededor de 40 a 60 nm de diámetro.

Las princiales enfermedades causadas por la familia Flaviviridae incluyen:

• Dengue
• Encefalitis japonesa
• Enfermedad de Kyasanur
• Encefalitis del Valle de Murray
• Encefalitis de San Luis
• Meningoencefalitis de garrapata
• Encefalitis del Nilo
• Fiebre amarilla
• Hepatitis C

Flaviviruses were known for their infectious properties long before they were classified.  The origin of the flavivirus is Africa, and the first reported cases in the Americas was in the 17th century¹. Joseph Conrad is thought to have suffered from yellow fever while writing his 1902 novel, Heart of Darkness, which was written and set in the African Congo.  Multiple outbreaks of yellow fever were also common along the Mississippi River in the mid 1800’s.  One of the more interesting parts of Flaviviruses are their transmission vectors, the most famous of which are mosquitos.  Flaviviruses are one of three genera that make up the Flaviviridea family of viruses.  They are (+)-sense, single stranded RNA icosahedral viruses that are surrounded by an envelope.  All flavivirus are similar in size, ranging from about 40-65 nm.  Flaviviruses also share a common genome size of about 9500-12500 nucleotides ^2,3.

Flexiviridae es una familia de virus que infectan plantas. Estos virus son filamentosos y muy flexibles, de donde procede el nombre. Contienen un genoma ARN monocatenario positivo y por lo tanto se incluyen en el Grupo IV de la Clasificación de Baltimore. Esta familia fue descrita en la literatura científica por primera vez en 2004 en base a análisis de filogenética molecular de las proteínas ARN polimerasa y de la cápside.

Los miembros de esta familia se transmiten mecánicamente o mediante otros vectores de transmisión. Las distintas especies tienen a infectar a huésped específicos, prefiriendo las plantas leñosas, aunque una gran variedad de angiospermas pueden servir de huésped. Los agregados virales se forman en el citoplasma de las células vegetales.¹

La familia incluye los siguientes géneros:

• Género Allexivirus; especie tipo: Virus X de la chalota.
• Género Capillovirus; especie tipo: Virus del tallo ranurado del manzano.
• Género Carlavirus; especie tipo: Virus latente del clavel.
• Género Foveavirus; especie tipo: Virus de las picaduras del tallo del manzano.
• Género Mandarivirus; especie tipo: Virus de las manchas anilladas del mandarino.
• Género Potexvirus; especie tipo: Virus X de la patata.
• Género Trichovirus; especie tipo: Virus de las manchas cloróticas de la hoja del manzano.
• Género Vitivirus; especie tipo: Virus A de la vid.

Especies no asignadas a un género:

• Virus del mosaico suave del banano
• Virus del moteado en anillo verde del cerezo
• Virus del moteado necrótico del cerezo
• Virus del manchado de la hoja del cítrico
• Virus asociado al mosaico estriado de la caña de azúcar

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los virus : Caulimoviridae es una familia de virus ADN retrotranscritos (o pararetrovirus), esto es, virus que comprenden una etapa detranscripción inversa en su ciclo de replicación. Su genoma consiste en una cadena de ADN bicatenario, por tanto, se incluyen en el Grupo VII de la Clasificación de Baltimore. Todos los virus de esta familia infectan plantas.

Todos los virus de esta familia no presentan envoltura. Las partículas del virus contienen una nucleocápside de dos posibles formas: baciliforme o isométrica. El tipo de nucleocápside incorporado en la estructura del virus determina el tamaño de los virus. La nucleocápside de los virus baciliformes mide unos 35-50 nm de diámetro y llega hasta 900 nm de longitud. Los virus de nucleocápside isométrica miden, en promedio, 45-50 nm de diámetro y muestran simetría icosaédrica.

La familia incluye los siguientes géneros:

• Género Badnavirus; especie tipo: Virus del moteado amarillo de Commelina.
• Género Caulimovirus; especie tipo: Virus del mosaico de la coliflor.
• Género Tungrovirus; especie tipo: Virus baciliforme del tungro del arroz.
• Género Soymovirus; especie tipo: Virus del moteado clorótico de la soja.
• Género Cavemovirus; especie tipo: Virus del mosaico veteado de la yuca.
• Género Petuvirus; especie tipo: Virus del veteado claro de la petunia.
• El genoma de los virus de esta familia consiste en un único segmento de ADN, ya sea de estructura circular o lineal. El tamaño del genoma es usualmente de 6.000-8.000 pares de bases. Dependiendo del virus, el ADN puede contener un marco abierto de lectura (ORF), como por ejemplo en Pertuvirus, o hasta ocho ORFs como en Soyamovirus. Las proteínas codificadas en el genoma de esta familia incluyen la transcriptasa inversa, proteasas, la nucleocápside y transactivadores. Hay otras proteínas esenciales para la replicación a las que aún no se le ha asignado una función específica.
  La replicación se lleva a cabo tanto en el citoplasma como en el núcleo de la célula huésped. En primer lugar, el ADN viral entra en el citoplasma donde forma estructuras mini-cromosómicas altamente empaquetadas que, a continuación, entran en el núcleo de la célula huésped. El ADN viral se transcribe en ARN con poliadenilación que es terminalmente redundante debido a que la transcripción se produce dos veces para algunas partes del ADN. El ARN transcrito entra nuevamente en el citoplasma, en donde puede realizar dos funciones. Puede utilizarse como plantilla para la síntesis de las proteínas virales o puede someterse a la transcripción inversa por la transcriptasa inversa codificada por el virus para fabricar ADN monocatenario. Este ADN puede entonces volver a introducirse el núcleo para repetir el proceso (amplificación).
  Puesto que la replicación requiere de ARN intermedio, los virus de la familia Caulimoviridae no son verdaderos virus ADN bicatenarios. En lugar de ello se consideran virus ADN bicatenarios retrotranscritos. Esta característica se da también en los retrovirus, sin embargo, existen varias diferencias importantes. Los virus de la familia Caulimoviridae, a diferencia de los retrovirus, no requieren la integración viral en el genoma del huésped con el fin de replicarse y por esta razón su genoma no codifica la proteína enzimáticaintegrasa.

Florendovirus genome organizations as compared with other members of the Caulimoviridae.

FromEndogenous florendoviruses are major components of plant genomes and hallmarks of virus evolution

• Andrew D. W. Geering,
• Florian Maumus,
• Dario Copetti,
• Nathalie Choisne,
• Derrick J. Zwickl,
• Matthias Zytnicki,
• Alistair R. McTaggart,
• Simone Scalabrin,
• Silvia Vezzulli,
• Rod A. Wing,
• Hadi Quesneville
• & Pierre-Yves Teycheney

Nature Communications

 

5,

 

Article number:

 

5269

 

doi:10.1038/ncomms6269

Schematic representation of the genomes of Petunia vein clearing virus (PVCV, type species of genus Petuvirus), Amborella trichopoda B virus sequence cluster 1 (AtrichBV-sc1), Lotus japonicus A virus (LjapAV), Glycine max virus sequence cluster 1 (GmaxV-sc1), Commelina yellow mottle virus (ComYMV, type species of genus Badnavirus), Rice tungro bacilliform virus (RTBV, type species of genus Tungrovirus) and Cauliflower mosaic virus (CaMV, type species of genusCaulimovirus). Genomes have been linearized and following convention, the first nucleotide of the tRNA^met consensus sequence designated the beginning of the genome. Light grey boxes mark open reading frames and coloured regions within ORFs are conserved protein domains: blue is the viral MP domain (PF01107); red is the retropepsin (pepsin-like AP) domain (CD00303); orange is the reverse transcriptase domain (CD01647); and yellow is the RNaseH1 domain (CD06222). In addition, a conserved CP domain, corresponding to L261–N429 of the CaMV ORF4 protein, is marked green. Diamond-patterned hatching marks ORF 2 of LjapAV and GmaxV-sc1 or a homologous domain in ORF 1 of AtrichBV.

Closteroviridae es una familia de virus que afectan a plantas. Contienen un genoma ARN monocatenario positivo y por lo tanto se incluyen en el Grupo IV de la Clasificación de Baltimore. Comprende los siguientes géneros:

• Género Closterovirus; especie tipo: Virus de la amarillez de la remolacha.
• Género Crinivirus; especie tipo: Virus de la amarillez infecciosa de la lechuga.
• Género Ampelovirus; especie tipo: Virus del enrollado de las hojas de vid 3.

  

  

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Caliciviridae (del latín calix, "cáliz") es una familia de virus infectivos para animales. Los calicivirus han sido encontrados en la mayoría de los animales domésticos y muchos silvestres, como cerdos, conejos, gallinas y anfibios. Contienen un genoma ARNmonocatenario positivo y por lo tanto se incluyen en el Grupo IV de la Clasificación de Baltimore.

Debido a su difícil cultivo y a la inexistencia de un modelo animal apropiado, los calicivirus no han sido bien estudiados. Recientemente los avances en biología molecular están permitiendo conocer el genoma vPoseen un genoma con ARN de cadena sencilla de sentido positivo como ácido nucleico. Albergan dicha información genética en una cápside carente de envoltura viral y estructuralmente definida por una simetría icosaédrica, de un tamaño de 35 a 40 nm. Los viriones se acumulan como partículas aisladas en disposiciones para-cristalinas en el citoplasma, formando microfibrillas en estructuras membranosas.írico.Las infecciones en humanos por el virus de Norwalk y Virus Sapporo usualmente causan gastroenteritis aguda. Los síntomas pueden incluir vómito y diarrea. Estos síntomas surgen después de un periodo de incubación de 2 días y suelen durar sólo 3 días. La mayoría de las infecciones por calicivirus no precisan de atención médica, pero los pacientes inmunocomprometidos pueden necesitar hospitalización para una terapia de rehidratación.

GENOME

Monopartite, linear ssRNA(+) genome of 7.3 to 8.3 kb. The 5’-terminus is linked to a VPg protein and the 3’-terminus has a poly(A) tract.

GENE EXPRESSION

The virion RNA is infectious and serves as both the genome and viral messenger RNA. The genome encodes a polyprotein (ORF1). One or two smaller ORFs are expressed from a subgenomic RNA. Cleavage of ORF1 polyprotein by the virus-encoded 3C-like cysteine proteinase yields the mature nonstructural proteins. The 3’-end terminal ORF encodes a basic protein (and the capsid protein) and is expressed through RNA termination-reinitiation.
Some Norovirus expressan alternative ORF by leaky scanning Vesiviruses are apparently unique among the Caliciviridae in that the ORF2 encodes a capsid precursor protein that is proteolytically processed by the viral proteinase to yield the mature capsid protein.

REPLICATION

CYTOPLASMIC

1. Attachement to host receptors mediates endocytosis of the virus into the host cell.
2. Uncoating, and release of the viral genomic RNA into the cytoplasm.
3. VPg is removed from the viral RNA, which is then translated into a processed ORF1polyprotein to yield the replication proteins.
4. Replication occurs in viral factories. A dsRNA genome is synthesized from the genomic ssRNA(+).
5. The dsRNA genome is transcribed/replicated thereby providing viral mRNAs/new ssRNA(+) genomes.
6. Subgenomic RNA translation gives rise to the capsid protein and VP2.
7. Assembly of new virus particles and release by cell lysis.

Caudovirales es un orden de virus que comprende a la mayor parte de los bacteriófagos (en torno a un 95%). En el marco del esquema de la Clasificación de Baltimore se integran en el Grupo I, ya que tienen un genoma ADN bicatenario. El tamaño del genoma está comprendido entre 18 y 500 kbp. Las partículas virales tienen una forma distintiva con una cabeza icosaedral que contiene el genoma y conectada a una cola. El orden abarca una amplia gama de virus, muchos de los cuales tienen los mismos o similares genes, mientras que la secuencia de nucleótidos puede variar considerablemente, incluso entre el mismo género. Debido a su característica estructura, se cree que comparten un origen común.Al encuentro con una bacteria huésped, la cola del virus se une a los receptores de la superficie celular bacteriana y el virus introduce su ADN en la célula mediante el uso de un mecanismo de inyección. La cola hace un agujero a través de la pared celular y de la membrana plasmática de la bacteria y el genoma pasa por la cola a la célula. Una vez dentro, los genes se expresan mediante la transcripción hecha por la maquinaria huésped, haciendo uso de los ribosomas. Típicamente, el genoma se replica haciendo uso de concatémeros.Las proteínas de la cápside se reúnen para formar una protocabeza, en el que se introduce el genoma. Una vez que esto ha ocurrido, la maduración de la protocabeza se realiza por la división de las unidades de la cápside para formar una cabeza icosaedral con simetría 5. Después de la maduración, la cola se añade por una de dos maneras: o bien la cola se construye por separado y se une con la cabeza, o bien se construye directamente sobre la cabeza del fago. La cola consiste en una hélice de proteínas con simetría 6. Después de la maduración de las partículas virales, la célula es lisada usando lisinas, holinas o una combinación de ambas.

Imagen a través de  https: //lookfordiagnosis.com/mesh_i ...

P1 fago

P1 es un templado bacteriófago (fago) que infecta a Escherichia coli y un algunas otras bacterias. Cuando se someten a un ciclo lisogénico existe el genoma del fago como un plásmido en la bacteria a diferencia de otros fagos (por ejemplo, el fago lambda ) que se integran en el ADN del huésped. * P1 tiene una "cabeza" icosaédrica que contiene el ADN unido a una cola contráctil con seis fibras de la cola. El fago P1 ha ganado interés en la investigación, ya que puede ser utilizado para transducir el fenotipo de una bacteria diana. Como se replica durante su ciclo lítico que capta fragmentos del cromosoma del huésped. Si se utilizan las partículas virales resultantes para infectar un host diferente los fragmentos de ADN capturadas se pueden integrar en el genoma del nuevo huésped. Este método de ingeniería genética en vivo fue ampliamente utilizado durante muchos años y todavía se utiliza hoy en día, aunque en menor medida. P1 también se puede utilizar para crear el cromosoma artificial derivado de P1 vector de clonación que puede llevar relativamente grandes fragmentos de ADN. Además, P1 codifica una recombinasa específica de sitio, Cre, que se utiliza ampliamente para llevar a cabo específica de la célula o por recombinación de ADN que flanquea el ADN diana específica a tiempo con loxP sitios. Imagen a través de  http: //mmbr.asm.org/content/75/3/42 ... Podoviridae Podoviridae es una familia de bacteriófagos . Esta familia se caracteriza por tener muy cortos, colas no contráctiles. Imagen a través de  http: //aem.asm.org/content/72/5/315 ... Pasteurella fago F108 F108 fago Pasteurella es un bacteriófago templado (un virus que infectabacterias ) de la familia Myoviridae , género Hp1likevirus . Su morfología es complejo, con cabeza hexagonal y una cola larga contráctil.