Biología - Biomoléculas y bioelementos

BIOMOLÉCULAS Y BIOELEMENTOS

-¿Qué es la vida? Antes de contestar hemos de analizar dos hechos:

a)cuáles son los mecanismos que ponen en contacto a una célula (el organismo celular más pequeño) con su medio.

b)qué  mecanismos tienen lugar en su interior.

-Para responder podemos decir que:

a)una célula es un sistema abierto que intercambia materia y energía con el medio.

b)dentro de una célula acontecen miles de reacciones químicas, encadenadas y ordenadas, que constituyen la base (química) de la vida.

c)las moléculas implicadas en estos procesos químicos tienen unas características particulares y están formadas por unos elementos que se encuentran en cantidades inusuales (si las comparamos con las observadas en los sistemas inertes).

-Llamamos biomoléculas (principios inmediatos) a aquellas que forman parte de los sistemas vivos. Son de dos clases:

1)Inorgánicas: agua y sales minerales (y gases).

2)Orgánicas: glúcidos, lípidos, proteínas y ácidos nucleicos.

-Llamamos bioelementos (elementos biogénicos) a los átomos que componen las biomoléculas. Hay distintas clasificaciones y optamos por la de Bertrand:

1)Bioelementos primarios o principales:

a)son C, H, O y N.

b)siempre presentes en la materia viva e imprescindibles para formar los principales tipos de moléculas biológicas.

c)constituyen aproximadamente el 95% de la materia viva.

2)Bioelementos secundarios: (junto con los anteriores se llaman también plásticos).

a)son S, P, Mg, Ca, Na, K y Cl.

b)se hallan en solución como grupos accesorios de las biomoléculas orgánicas o incluso accidentalmente en la materia viva.

c)representan aproximadamente el 4´5%.

3)Oligoelementos:

a)aunque se han identificado unos 60, sólo 14 son comunes a todos los organismos y, por ello, se les llama esenciales, ya que algunos realizan funciones catalíticas imprescindibles, a pesar de que se hallen en proporción inferior al 0´1%.

b)son: Fe, Zn, B, Mn, F, Cu, I, Cr, Se, V, Co, Mb, Si y Sn.

-Ejemplos de acción oligodinámica:

a)Fe: en la hemoglobina (transportador de oxígeno).

b)Cu: constituyente de enzimas de oxidación.

c)Mn: factor catalítico en la reacción hexoquinasa.

-Exceptuando el O₂, que predomina tanto en los sistemas vivos (70%) como en los inertes (48%), son el Si y el C los elementos más abundantes en los seres inertes y en los seres vivos, respectivamente. (Si -> 26% en inertes y C -> 15% en seres vivos).

-¿Por qué el Si no fue seleccionado para la vida, a pesar de su mayor abundancia y, sí lo fue el C, que se halla en proporciones mínimas en los sistemas inertes (0'18 %)?

La respuesta a esta cuestión se centra en tres características que diferencian al C del Si:

a)La combinación C-O forma un compuesto gaseoso y soluble en agua (dióxido de C), hecho que favorece el intercambio de dicha molécula entre la célula y el medio. Por el contrario, la combinación Si-O origina un compuesto sólido e insoluble (dióxido de Si o silicona), y esto origina su precipitación.

b)Los enlaces Si-Si son inestables y, por tanto, no son capaces de construir moléculas biológicamente resistentes.

c)La unión Si-O (silicona) es tan estable que resulta casi irrompible, lo cual afecta a su capacidad de reacción (carece de ella). Desde el punto de vista biológico, los enlaces deben ser estables, pero no hasta el punto de que bloquen el metabolismo.

-Por otro lado, el C y los otros bioelementos primarios (O, H, N) resultan idóneos para edificar al ser vivo, por varias razones:

1)Presentan variabilidad de valencias, lo que permite el establecimiento de un alto número de combinaciones entre ellos, compartiendo electrones, es decir, formando enlaces covalentes.

2)Siendo los elementos más ligeros capaces de formar tales enlaces covalentes, éstos son de gran estabilidad y fortaleza.

3)Entre estos elementos pueden establecerse enlaces simples o múltiples, dando lugar a una gran variedad de grupos funcionales, que pueden reaccionar entre sí y originar nuevas moléculas.

4)Los enlaces C-C son estables, pueden formar largas y variadas cadenas, así como anillos cíclicos y heterocíclicos, que constituyen los "esqueletos estructurales" de una inmensa variedad de moléculas orgánicas.

5)La estructura tetraédrica de los compuestos de C puede proporcionar a las moléculas unas configuraciones tridimensionales diferentes (estereoisómeros), de las que derivan unas u otras propiedades y funciones.

-Además, y para terminar, estos bioelementos originan compuestos generalmente polares, lo que facilita su disolución en agua. Esto supone una ventaja, ya que la mayor parte de las reacciones biológicas se desarrollan en este medio.

Los carbohidratos son la principal fuente de energía de los seres vivos. Están formados por una o miles de moléculas unidas entre sí por enlaces químicos que se rompen fácilmente liberando energía que puede ser aprovechada por los seres vivos para realizar innumerables funciones metabólicas. También se les conoce con los nombres de polialcoholes, glúcidos, sacáridos o azúcares.

Se pueden clasificar en:

CARBOHIDRATOS{

• Monosacáridos o carbohidratos simples
• Oligosacáridos
• Polisacáridos o carbohidratos complejos

Esta clasificación se da por el número de monómeros presentes en las moléculas, en este caso, los monosacáridos (del griego “un azúcar”) son la unidad básica de los carbohidratos y, la unión de ellos, es lo que formará a los oligosacáridos o polisacáridos, los cuales son polímeros de carbohidratos.

Los carbohidratos son compuestos orgánicos formados por carbono (C), hidrógeno (H) y oxígeno (O) en proporción 1:2:1, por lo que la fórmula general de los monosacáridos es (CH₂O)_n donde la n es el número de carbonos que tiene la molécula y puede ser cualquier número entre 2 y 8. Por ejemplo, para la glucosa la n tiene un valor de 6 y su fórmula es C₆H₁₂O₆.

Los monosacáridos tienen todos sus carbonos saturados con un hidroxilo (OH) y un hidrógeno (H), excepto un carbono que lleva el grupo funcional carbonilo característico de ellos, formado por un carbono unido a un oxígeno por un doble enlace (C=O), que puede ser de dos tipos: aldehído o cetona. Entre los carbohidratos de importancia biológica podemos mencionar a las pentosas y hexosas.

A continuación se muestra la representación lineal de dos monosacáridos del grupo de las hexosas (formados por 6 carbonos) que tienen la misma fórmula general, C₆H₁₂O₆, pero son estructural y espacialmente diferentes. Ubica el grupo funcional que poseen. Presiona la fructosa, la reconocerás por su grupo cetona.

Los lípidos son un grupo de moléculas heterogéneas, formadas por carbono (C) e hidrógeno (H) casi exclusivamente, debido a este tipo de enlaces no polares son hidrofóbicas y, por tanto, insolubles en agua, pero solubles en solventes orgánicos como el benceno, cloroformo, xilol, etc. Estas moléculas están formadas en menor proporción por oxígeno (O), y algunas tienen azufre (S), fósforo (P) o nitrógeno (N).

Los lípidos tienen una amplia gama de funciones biológicas, son la principal reserva energética, forman cubiertas impermeables en los cuerpos de plantas y animales, son aislantes térmicos, amortiguadores mecánicos, actúan como hormonas y vitaminas, etc. Debido a la gran diversidad de los lípidos, en la literatura hay múltiples clasificaciones, una de las más aceptadas es la siguiente. Presiona cada tipo de lípido:

Lípidos

Saponificables

Insaponificables

Simples

Complejos

Glicéridos o Grasas

Ceras

Fosfolípidos

Esfingolípidos

Fosfoglicéridos

Prostanglandinas

Terpenos

Esteroides

Una vez que has conocido la estructura y características de los lípidos, conoce sus funciones presionando las imágenes:

Reserva energética y aislante térmico

Amortiguadores mecánicos

Estructural

Función biocatalizadora

X

Función biocatalizadora. Algunos lípidos regulan procesos bioquímicos de gran importancia biológica, entre ellos podemos citar a los esteroides, prostaglandinas y vitaminas como la A, D, E y K.

NIVEL MOLECULAR: BIOMOLÉCULAS.

1.-COMPOSICIÓN MOLECULAR DE LA MATERIA VIVA.

             Los compuestos químicos de la materia viva reciben el nombre de biomoléculas. Antiguamente se les llamaba también principios inmediatos, pero esta denominación ha caído en desuso. Las biomoléculas se clasifican en orgánicas e inorgánicas según sean o no compuestos del carbono. En el siguiente cuadro se muestran los distintos tipos de biomoléculas.

 En la tabla 3.1 aparece la composición molecular de Escherichia coli, bacteria común de la flora intestinal humana, con las cantidades relativas de los distintos tipos de biomoléculas. Se puede constatar que el agua es la biomolécula más abundante (70%), le siguen las proteínas, que constituyen un 50% del peso seco de la célula, y a continuación los ácidos nucleicos seguidos de los azúcares y los lípidos.

% del peso                          Nº aprox. de espe- Biomolécula                                       celular total                         cies moleculares  _________________________________________________________________________ AGUA                                                 70                                                            1 PROTEÍNAS                                      15                                                        3000 ÁCIDOS NUCLEICOS             DNA                                         1                                                             1             RNA                                         6                                                    > 3000 POLISACÁRIDOS                              3                                                             5 LÍPIDOS                                             2                                                           20 SILLARES ESTRUCTURALES             E INTERMEDIARIOS            2                                                            500 IONES INORGÁNICOS                     1                                                              20                                                     Tabla 3.1.

            En realidad, si dejamos de considerar las partes relativamente inertes de los organismos vivos (exoesqueleto, porción mineral del hueso, depósitos de sustancias de reserva, etc.), todas las células vivas contienen aproximadamente las mismas proporciones de los principales tipos de biomoléculas que se muestran en la tabla 3.1. Podemos concluir que la composición molecular de la materia viva es universal, y este hecho debe hacernos pensar una vez más en un origen común de todas las formas de vida. Además, los principales tipos de biomoléculas desempeñan idénticas funciones en todos los seres vivos. Así, los ácidos nucleicos actúan universalmente almacenando y transmitiendo la información genética; las proteínas son en todas las células los productos directos y efectores de la acción de los genes, desempeñando en ellas una gran variedad de funciones entre las que destacan la catalíticas y las estructurales; los azúcares y los lípidos suministran y almacenan energía química para los procesos celulares, o bien actúan como elementos estructurales, en todas las formas de vida. Se puede decir, con ciertas precauciones, que proteínas y ácidos nucleicos son biomoléculas informativas mientras que azúcares y lípidos son biomoléculas energéticas. Por otra parte, las biomoléculas son enormemente versátiles en cuanto a su función: la mayor parte de ellas desempeñan diferentes cometidos celulares.

2.-      JERARQUÍA DE ORGANIZACIÓN MOLECULAR DE LA MATERIA VIVA.

             En la tabla 3.1. se muestran, además de sus cantidades relativas, el número aproximado de especies moleculares de cada uno de los principales tipos de biomoléculas presentes en la bacteria Escherichia coli. Se puede comprobar que esta bacteria posee alrededor de 6000 compuestos químicos diferentes, entre los que se encuentran unas 3000 proteínas y otros tantos tipos de ácidos nucleicos. Un análisis semejante para organismos vivos de mayor tamaño y complejidad, como los animales o las plantas superiores, arrojaría cifras más espectaculares: se calcula que el organismo humano puede contener unas 30.000 proteínas diferentes y una cantidad similar de ácidos nucleicos. Aunque existen proteínas de Escherichia coli con funciones análogas a las de algunas proteínas humanas, no hay proteínas que sean idénticas en una y otra especie. Es más, cada especie de organismos vivos posee un conjunto de proteínas y ácidos nucleicos que difiere completamente del de las demás especies. Si tenemos en cuenta ahora que, según estimaciones, en la biosfera puede haber entre 1,5 y 2 millones de especies de seres vivos puede calcularse que deben existir en ella entre 10¹⁰ y 10¹² proteínas diferentes y una cantidad equivalente de ácidos nucleicos. Después de muchos años de intenso trabajo los químicos orgánicos "sólo" han conseguido identificar y conocer la estructura de algo más de un millón de compuestos orgánicos, una fracción trivialmente pequeña del total que se cree existe en la biosfera. Por otra parte, no sólo las proteínas y los ácidos nucleicos, sino también algunos polisacáridos como el almidón y la celulosa son en realidad macromoléculas, con pesos moleculares muy elevados y estructuras químicas muy complejas.

            El panorama que acabamos de dibujar es, a primera vista, desolador. Se nos antoja tarea de titanes el que los bioquímicos traten de aislar, caracterizar y averiguar la estructura de tal inmensidad de compuestos químicos; parece fuera del alcance humano el llegar a comprender, siquiera en parte, la organización molecular de la materia viva. Sin embargo, a poco que se profundiza en el estudio de dicha organización, se percibe que bajo esta aparente complejidad subyace una simplicidad casi pasmosa: las células pueden construir toda la inmensa variedad de macromoléculas que estamos considerando mediante el ensamblaje de un número discreto de unidades estructurales ligadas entre sí para formar largas cadenas. Estas unidades son biomoléculas de peso molecular relativamente bajo y estructura relativamente simple que reciben el nombre de sillares estructurales. Así, los aminoácidos son los sillares estructurales de las proteínas, los nucleótidos son los sillares estructurales de los ácidos nucleicos, los monosacáridos lo son de los polisacáridos y los ácidos grasos de la mayor parte de los lípidos. Los sillares estructurales de los diferentes tipos de macromoléculas que se encuentran en las células se cuentan, como mucho, por decenas: hay sólo 20 aminoácidos que forman parte de las proteínas, ocho son los nucleótidos con los que se construyen los ácidos nucleicos, los polisacáridos más importantes se forman a partir de un sólo monosacárido (la glucosa) repetido miles de veces, alrededor de una docena de ácidos grasos junto con la glicerina dan lugar a multitud de lípidos diferentes.

            En definitiva, la organización molecular de la materia viva parece seguir una estrategia de "construcción modular" en la que el ensamblaje de unos pocos "módulos prefabricados" (los sillares estructurales) da lugar a una gran variedad de "edificios" moleculares diferentes. Podemos afirmar que los sillares estructurales son los "ladrillos" de construcción de la "arquitectura" molecular de las células.

            La relación entre macromoléculas y sillares estructurales que acabamos de tratar forma parte de una más amplia jerarquía de organización molecular con varios niveles de complejidad. Todas las biomoléculas derivan en último término de precursores muy sencillos y de bajo peso molecular obtenidos del entorno (CO₂, agua, nitrógeno, etc.). Estos precursores se transforman, a través de intermediarios metabólicos de tamaño molecular creciente, en biomoléculas sillares estructuralesde peso molecular intermedio. La unión covalente de estos sillares en largas cadenas da lugar, como vimos, a macromoléculasde peso molecular elevado. Todavía existen niveles de complejidad superiores dentro de esta jerarquía: distintos tipos de macromoléculas se asocian mediante interacciones débiles (no covalentes) para formar a complejos supramoleculares, como las membranas o los ribosomas. Estos complejos a su vez pueden asociarse de modo no covalente constituyendo orgánuloscelulares (mitocondrias, cloroplastos, etc.). La integración de los distintos orgánulos da lugar a la célula, que ya no pertenece al nivel molecular sino al celular.

3.-      ENLACES QUÍMICOS E INTERACCIONES DÉBILES EN LAS BIOMOLÉCULAS.

           El ensamblaje de los distintos sillares estructurales para dar lugar a los diferentes tipos de macromoléculas se lleva a cabo mediante enlaces covalentes de gran estabilidad. Aunque como resultado de reacciones químicas entre diferentes grupos funcionales existe en la naturaleza una gran variedad de este tipo de enlaces, un reducido número de ellos es el responsable de la construcción de la inmensa mayoría de las biomoléculas. Así, los monosacáridos se ensamblan mediante enlaces glucosídicospara dar lugar a los polisacáridos, los aminoácidos mediante enlaces peptídicos para dar lugar a las proteínas, los enlaces éster  predominan entre los componentes de los lípidos y de los ácidos nucleicos. La utilización de sólo unos pocos tipos de enlace químico para construir sus biomoléculas resulta muy ventajosa para los seres vivos, ya que ello les permite llevar a cabo un control muy eficaz y económico de las reacciones químicas celulares.

            En la formación o rotura de enlaces covalentes entre átomos vecinos se ve implicada una cantidad importante de energía. Existe un tipo adicional de interacciones interatómicas, denominadas interacciones débiles, que son mucho menos energéticas y que por lo tanto pueden romperse o establecerse con extraordinaria facilidad. Muchos de los acontecimientos que a nivel molecular tienen lugar en las células vivas, entre los que destacan la determinación de la estructura tridimensional de las macromoléculas o la relación estereoespecífica entre el enzima y su sustrato, responden a este tipo de interacciones. Las interacciones débiles de importancia biológica pueden ser de varios tipos: puentes de hidrógeno, interacciones iónicas, interacciones hidrofóbicas y fuerzas de Van der Waals. La base físico-química de estas interacciones se comprenderá mejor en relación con las propiedades de las disoluciones acuosas, por lo que su estudio se pospondrá para un capítulo posterior.

4.-ORIGEN DE LAS BIOMOLÉCULAS.

            Los compuestos orgánicos, tan abundantes en la materia viva, se encuentran en la corteza terrestre, en el agua del mar y en la atmósfera en cantidades muy pequeñas (incluso las llamadas rocas organógenas, como el carbón y el petróleo, proceden de la actividad de seres vivos de épocas pretéritas). Cabe preguntarse, pues, cómo adquirieron los primeros organismos vivos sus biomoléculas constituyentes en un entorno tan pobre en este tipo de sustancias. En 1922, el bioquímico ruso Aleksandr I. Oparin formuló una hipótesis acerca del origen de la vida sobre la Tierra, que incluía una explicación sobre el origen de las primeras biomoléculas. Según esta hipótesis, la primitiva atmósfera de la Tierra era rica en gases como el metano, el amoníaco y el vapor de agua, y estaba prácticamente exenta de oxígeno; era, pues, una atmósfera netamente reductora, muy diferente al entorno oxidante que hoy conocemos. La energía liberada por las descargas eléctricas de las frecuentes tormentas y por la intensa actividad volcánica, habría propiciado que estos gases atmosféricos reaccionasen entre sí para formar compuestos orgánicos sencillos, que a continuación se disolvían en los primitivos océanos. Este proceso duró millones de años, durante los cuales los océanos se fueron enriqueciendo paulatinamente en una gran variedad de compuestos orgánicos; el resultado fue una disolución caliente y concentrada de moléculas orgánicas: la "sopa primigenia". En esta "sopa" algunos de estos compuestos simples reaccionaban con otros para dar lugar a estructuras más complejas, y así fueron apareciendo las distintas biomoléculas. La tendencia de algunas biomoléculas concretas a asociarse en estructuras cada vez más complejas culminó con el paso del tiempo con la aparición de alguna forma primitiva de organización celular, que sería el antepasado común de todos los seres vivos.

          Los puntos de vista de Oparin fueron considerados durante mucho tiempo como una mera especulación, hasta que un experimento, ya clásico, realizado por Stanley Miller en 1953 vino a corroborarlos. Miller sometió mezclas gaseosas de CH₄, NH₃, vapor de agua y H₂(los gases de la atmósfera primitiva) a descargas eléctricas producidas entre un par de electrodos durante períodos de una semana o superiores; todo ello en un dispositivo como el que se muestra en la Figura 3.1. Las descargas eléctricas tenían la finalidad de simular las frecuentes tormentas de la atmósfera primitiva. A continuación analizó el contenido del recipiente de reacción, encontrando que en la fase gaseosa, además de los gases que había introducido inicialmente, se habían formado CO y CO₂, mientras que en la fase acuosa obtenida por enfriamiento había aparecido una gran variedad de compuestos orgánicos, entre los que se contaban algunos aminoácidos, aldehídos y ácidos orgánicos. Miller llegó incluso a deducir la secuencia de reacciones que había tenido lugar en el recipiente.

            Experimentos posteriores al de Miller, realizados con dispositivos más avanzados, han corroborado que la síntesis abiótica de biomoléculas es posible en condiciones muy diversas. No sólo las descargas eléctricas, sino también otras fuentes de energía que pudieron estar presentes en la Tierra primitiva, como los rayos X, la radiación UV, la luz visible, la radiación gamma, el calor o los ultrasonidos, pueden inducir el proceso. Además se demostró que no es imprescindible partir de gases tan reducidos como el metano y el amoníaco: mezclas convenientemente irradiadas de CO, CO₂, N₂ y O₂ también dan lugar a gran variedad de compuestos orgánicos.

            En resumen, los experimentos sobre la formación espontánea de biomoléculas en condiciones similares a las de la Tierra primitiva indican que muchos de los componentes químicos de las células vivas pudieron haberse formado en esas condiciones.

5.-IDONEIDAD DE LAS BIOMOLÉCULAS.

             Es probable que la "sopa primigenia" contuviese centenares de compuestos orgánicos diferentes. Sin embargo sólo un número reducido de ellos, alrededor de tres docenas, fueron seleccionados para dar lugar a las actuales biomoléculas. Son las llamadas biomoléculas primordiales. Se cree que este proceso selectivo de debió a que este conjunto de biomoléculas presentaba unas propiedades que lo hacían idóneo para conferir a las células que lo poseían una mayor capacidad de supervivencia y reproducción frente a las que no lo poseían.

6.-      DIMENSIONES Y FORMAS DE LAS BIOMOLÉCULAS: UNIDADES.

UNIDADES DE MASA 1 Dalton = masa de un átomode H. = 1,68x10-24 g 1 picogramo(pg) = 1x10-12 g. UNIDADES DE LONGITUD 1 nanómetro (nm) = 10-9 m. = 10 ángstrom 1 micrómetro (μm )= 10-6 m. = 1000 nm = 10.000 angstroms.          Tabla 3.2

            Es interesante familiarizarse con las dimensiones y formas de las biomoléculas ya que estos dos atributos tienen una gran importancia bioquímica. Hay que recordar que las interacciones entre las biomoléculas, de las cuales depende el mantenimiento del estado vital, se basan en una complementariedad estructural entre unas y otras.

            En la Tabla 3.2 se muestran algunas unidades de masa y longitud de uso corriente en bioquímica. Antiguamente se utilizaba mucho la unidad ángstrom para expresar las dimensiones moleculares, sin embargo en la actualidad se recomienda utilizar el Sistema Internacional de unidades. Así, en lo sucesivo, expresaremos las dimensiones moleculares en nanometros(nm), las dimensiones celulares en micrómetros (μm o micras), las masas moleculares en daltons, y las masas de las células en picogramos (pg).

            Las fórmulas estructurales con las que habitualmente se representa sobre el papel la estructura de las biomoléculas son proyecciones planas en dos dimensiones que poco nos dicen acerca de su forma tridimensional, siendo ésta de gran importancia en bioquímica. Por ello, los bioquímicos construyen a menudo modelos moleculares a escala que les proporcionan mayor información acerca de dicha forma tridimensional. Los llamados modelos de bolas y varillas se usan para estudiar los ángulos y distancias de enlace y las posiciones relativas de los átomos. Por otro lado, los modelos espaciales compactosrepresentan el contorno de van der Waals o superficie de la molécula, proporcionando una idea más certera de la forma tridimensional de la molécula tal y como es "vista" por otras moléculas con las que interactúa.

            En los últimos años, la posibilidad de generar imágenes tridimensionales de las biomoléculas mediante aplicaciones informáticas ha abierto nuevos campos a la investigación bioquímica.