AMIGOS PARA SIEMPRE: Genomas

Genomas secuenciados

El ratón de laboratorio es un roedor, usualmente de la especie Mus musculus, que se utiliza para la investigación científica. Su cariotipo está compuesto por 40cromosomas¹ y suelen ser albinos.- ...............................................................................:https://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Especial:Libro&bookcmd=download&collection_id=18a2ce7efa4cbb597fbbba8f6188f4a38139be6d&writer=rdf2latex&return_to=Rat%C3%B3n+de+laboratorio

Ratas de laboratorio

Siempre hay que averiguar qué tipo de ratón de laboratorio se posee como mascota ya que éstos se clasifican según el tipo de enfermedades que puedan contraer (para eso, preguntar donde se adquirió o directamente con un veterinario).

Las ratas de laboratorio pertenecen a la especie Rattus norvegicus (variedad albina), y se utiliza comúnmente como mascota conocidas como "fancy rat".

Existen los fundamentalmente libres de gérmenes patógenos o gnotobióticos. Para algunos, simplemente, ratones "limpios".

Según la clasificación inglesa, hay ratones desde una hasta cinco estrellas, pero los que se comercializan masivamente son los "tres estrellas" o specific patogen free (SPF); es decir, libres de gérmenes patógenos específicos, también llamados heteroxénicos.

Existen, además, los libres de todo germen demostrable (axénicos), y otros que tienen gérmenes conocidos, inducidos y controlados por el hombre (gnotoxénicos).

Los gérmenes patógenos específicos son un grupo de microorganismos definidos internacionalmente, integrados por bacterias, virus y parásitos que pueden causar afecciones en los animales de laboratorio.

¿Por qué utilizar ratones para experimentación?

Los animales de laboratorio son biomodelos experimentales que tienen la cualidad necesaria para dar respuesta al cuestionamiento de cómo estudiar las enfermedades que afectan al hombre, a la especie que está estudiando, y a las demás especies productivas y domésticas, y las ratas y ratones están entre los que responden más uniformemente a esos requerimientos, son de fácil manejo y poseen las características zootécnicas adecuadas.

Hay miles de líneas y sublíneas de ratones, que replican las enfermedades del ser humano. Hoy existen ratas y ratones para muchas de las enfermedades que padecemos: hay ratas obesas e hipertensas, ratones diabéticos, asmáticos, inmunodeficientes...; unos por mutaciones espontáneas y otros inducidos por el hombre.

Los animales de laboratorio se utilizan, en los países avanzados en la biotecnología y la industria médico farmacéutica, para la obtención de productos biológicos (anticuerpos monoclonales, vacunas, etc.); en pruebas biológicas para el control de la calidad de estos; en los estudios toxicológicos; la experimentación, y la docencia.

A continuación una guía para el cuidado de ratones domésticos (fancy rats) o de laboratorio como mascotas

Dé a sus animales domésticos un hogar feliz.

Las ratas y los ratones requieren de sus propios hogares. Buenos lugares para mantenerlos son acuarios plásticos o de cristal. A mayor tamaño de la rata mayor ha de ser su casa.

Generalmente para ratas de mayor tamaño se utilizan jaulas de alambre, sólo debe tener cuidado de que no tengan el piso o repisas de alambre ya que pueden lastimarse las piernas o doblárselas.

A las ratas y los ratones no les gusta estar en un lugar con mucha luz solar ni tampoco muy helado, por lo tanto se debe buscar un lugar que esté protegido contra el frío y el sol.

Los juguetes son muy entretenidos para las ratas, se pueden comprar accesorios para entretenerlos en las tiendas de mascotas o bien hacerlos usted mismo. Los ratones aman jugar y dormir en tubos del papel higiénico. Las ratas necesitan juguetes más grandes. Una caja de zapatos es perfecta para jugar y además puede colocar una cuerda en la jaula a modo de puente para que se desplacen por encima de él.

Una jaula limpia con alimento y agua fresca.

Las ratas y los ratones odian su jaula cuando está sucia. Cerciórese de limpiar la jaula de su rata/ratón al menos una vez por semana. Elimine la cama vieja y coloque un lecho fresco. Nunca utilizar como lecho virutas (aserrín) de cedro o pino ya que trasmiten enfermedades al ratón. Se puede utilizar aserrín de álamo.

Es muy importante siempre tener agua limpia y alimento fresco para su animal doméstico. Si no los tienen, las ratas enferman, por lo tanto revise que posean alimento y cambie diariamente el agua, que debe ser abundante.

La mejor manera de dar a rata/ratón es en una botella para agua que se compran en las tiendas de mascotas. No se debe dar agua en platos ya que logrará que el agua se ensucie rápidamente y además su rata estará siempre mojada.

Existen alimentos especiales para ratas que se adquieren en tiendas de mascotas, para ver cual es el mejor alimento se debe consultar a un veterinario.

Regalos especiales

Regalos especiales para su rata son necesarios de vez en cuando, los adoran y además posiblemente sean las mismas cosas que a usted también le gustan. Recuerde que jamás dar regalos comestibles en grandes cantidades ya que se estropeará su alimentación.

La fruta es un gran regalo, a las ratas y los ratones les encanta comer manzanas, plátanos, duraznos, frutillas, y las uvas. También aman verduras como zanahorias, apio, pepinos, habas, y brocoli.

A las ratas y los ratones también les gustan los tallarines con salsa, la masa de pizza, el pan, e incluso el cereal. Cualquier cosa que es buena para usted, es buena probablemente para su rata.

No dar comida chatarra a los ratones y ratas ya que enferman, a pesar de que les gusta mucho. Jamás dar caramelos, galletas, confites, chicles, chocolates, o queso.

Porciones de amor

Las ratas y los ratones son grandes animales domésticos. Aprenden a reconocer a su dueño y vendrán rápidamente hacia él cuando lo vean.

Hay que ser cuidadoso al sostener a los ratones: no les gusta ser apretados, empujados o botados al suelo ya que pueden fracturarse y asustarse.

Los ratones son muy amistosos. Una vez que adquieran confianza se quedan quietos para que uno los pueda acariciar, también les gusta colocarse dentro de bolsillos grandes en la ropa de su dueño, cuidado con aplastarlos).

Las ratas son muy inteligentes. Algunas personas les enseñan a venir cuando son llamadas por su nombre y caminar por encima de una cuerda, incluso hay ratas entrenadas que juegan básquetbol.

A las ratas les gusta acurrucarse y ser acariciadas. ¡Algunos incluso dan besos!. A la mayoría de los ratones les gusta andar en los hombros de sus dueños y otros prefieren los bolsillos o monederos.

Thermus thermophilus es una eubacteria gram negativa utilizada en una gran variedad de aplicaciones en biotecnología, incluyéndolo como organismo modelo en lamanipulación genética, genómica estructural y biología de sistemas. La bacteria es un termófilo extremo, con una temperatura de crecimiento óptimo a una temperatura de unos 65 °C.Thermus thermophilus fue aislado originalmente en un ambiente de fumarolas hidrotermales en Japón por Tairo Oshima and Kazutomo Imahori.¹ También se ha visto que el organismo es importante en la degradación de materia orgánica en la fase termogénica del compostaje.² T. thermophilus se clasifica en varias cadenas, en las cuales HB8 y HB27 son las más comunes y el análisis de su genoma fue completado independientemente en 2004.

La extrema termófilo Thermus thermophilus es una bacteria aerobia gram-negativas que pueden crecer a temperaturas que oscilan entre 50 ° C a 82 ° C ( 33 , 34 ). Las secuencias del genoma de dos cepas, HB27 y HB8, están disponibles ( ; véase también http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genome&cmd=Retrieve&dopt=Overview&list_uids=530 ). El genoma de la cepa HB27 consta de un cromosoma (1,89 Mb) y un megaplasmid (0,23 Mb), mientras que la de la cepa HB8 incluye un plásmido (9,3 kb) junto con un cromosoma (1,85 Mb) y un megaplasmid (0,26 Mb) ( ; véase también la página web NCBI [anterior]). Este organismo ha atraído la atención como uno de los organismos modelo para la manipulación genética, la genómica estructural y la biología de sistemas ( , ). En el caso de la cepa HB8, el Proyecto Whole-Cell estructurales, funcionales y de T. thermophilus HB8, cuyo objetivo es comprender los mecanismos de todos los fenómenos biológicos que ocurren en la célula HB8 mediante la investigación de los componentes celulares a nivel atómico sobre la base de sus tres dimensiones (3-D) estructuras, está en curso ( ). Además de la estabilidad y la facilidad de cristalización de proteínas termófilas, competencias naturales y un sistema de ingeniería genética establecida agregar valor a T. thermophilus HB8 como organismo modelo ( , , , ). Resistencias termoestabilizada contra antibióticos como la kanamicina (Km), higromicina (Hm) y bleomicina (Bm), que fueron desarrollados por la evolución dirigida, también han alentado el sistema ( , , , ; Y. Koyama, datos no publicados) .

Sin embargo, nos habían desconcertado sobre varias interrupciones de genes en T. thermophilus HB8 que resultó de reemplazo con el gen de resistencia a los medicamentos. Incluso si se obtuvieron transformantes resistentes a los fármacos, el gen diana de los transformantes no había menudo sido eliminado. El objetivo de genes, probablemente un gen esencial, parecía coexistir con el gen de resistencia a los medicamentos. Un fenómeno similar se ha reportado en la supresión de la RECJ gen en Deinococcus radiodurans ( ).Observación repetida de este fenómeno sugiere que T. thermophilus HB8 podría poseer varias copias genómicas. Muchas bacterias, incluyendo las bacterias más estudiadas Escherichia coli y Bacillus subtilis , esencialmente llevan una sola copia por célula genómico y son genéticamente organismos haploides ( 3 , , , ). Por otra parte, se han propuesto varias bacterias a ser poliploides, que alberga múltiples copias genómicas por célula. Ellos incluyen Buchnera especies ( , ), Blattabacterium especies ( ),Epulopiscium especies ( , ), Borrelia hermsii ( ), Azotobacter vinelandii ( , ), Neisseria gonorrhoeae ( ), D. radiodurans ( , ), un par de Lactococcus lactis cepas de laboratorio ( ), y muchos cianobacterias ( , , ). En particular, D. radiodurans , una bacteria extremadamente radioresistant, se ha sugerido que estar estrechamente relacionado con el género Thermus por análisis comparativo genómico ( , ). La bacteria radioresistant lleva cuatro copias de genoma por célula en la fase estacionaria y hasta 10 copias por célula durante el crecimiento exponencial ( , ). En contraste con este poliploidía bien conocido de D. radiodurans , ningún informe sobre el número de copia genómico deThermus se ha hecho, a pesar de la atención que se ha recibido como un organismo modelo. Por lo tanto, en este trabajo, la poliploidía potencial y el número de copias del genoma se estudiaron por primera vez en T.thermophilus HB8.

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MATERIALES Y METODOS

Cepas y condiciones de crecimiento bacteriano.

T. thermophilus HB8 y sus derivados se cultivaron a 70 ° C en medio TR como un medio rico ( ) o a 55 ° C en medio sintético como un medio nutricionalmente definido ( ), y 1,5% de goma gellan con 1,5 mM CaCl 2 y 1,5 mM de MgCl 2 se añadió al medio de TR para las placas ( ). Km (500 g / ml), Hm (100 g / ml), y / o Bm (20 mg / ml) se añadieron al medio cuando sea necesario. B. subtilis cepa BEST7003, en el que se insertó una secuencia de pBR322 linealizado en elproB gen, se ha descrito previamente ( ). Esta secuencia pBR322 genómico se llama GpBR. B. subtiliscepas se cultivaron a 37 ° C en medio Luria-Bertani (LB) o a 20 ° C en medio Spizizen como un medio sintético ( ).

Plásmidos y materiales.

El E. coli plásmidos para la eliminación del T. thermophilus genes HB8 ( JRN ,polX , TTHB090 y TTHB222) fueron proporcionados por Kuramitsu (Universidad de Osaka y RIKEN) ( ). El plásmido contiene un fragmento de ADN en el que un gen de resistencia a Km (kanamicina altamente termoestable [HTK] o Km r ) ( ) se intercala entre los fragmentos de 500 pb justo aguas arriba y aguas abajo del gen diana. La kilometros r gen se puede acortar con enzimas KpnI y PstI. E. coli plásmido derivado de pBR322 pCISP401 se ha descrito previamente ( ). Un gen de resistencia Hm (Hm r ) (Koyama, inédito) de T. thermophilus HB8 fue amablemente donado por Koyama (AIST), mientras que un gen de resistencia Bm (alta temperatura Streptoalloteichus hindustanus BLMA [HTS] o Bm r ) ( ) se sintetizó químicamente por Takara Bio. La versión de arranque en caliente LA Taq para las enzimas de restricción y PCR eran de Takara Bio.

Transformación y deleción del gen.

Transformación y deleción del gen de T. thermophilus HB8 se llevaron a cabo utilizando los siguientes procedimientos ( ). Un cultivo de una noche se diluyó 1:60 con medio suplementado con TR 0,4 mM CaCl 2 y 0,4 mM de MgCl 2 y se agita a 70 ° C durante 2 h. Cuatro cien microlitros de este cultivo se mezclaron con una solución de ADN 50-l. La mezcla se agitó a 70 ° C durante 1 h y se extendió en placas. Las placas se incubaron durante la noche a 70 ° C. Para eliminar el T.thermophilus HB8 genes en este experimento, el Km r gen del plásmido de Kuramitsu fue sustituido por el Hm r y Km r o Hm r y Bm r marcador, como se muestra en la Fig. Fig.1.1 . Para lograr la sustitución adecuada por dos recombinaciones homólogas como se muestra en la Fig. Fig.1,1 , , 1 1 mg del plásmido se utilizó para la transformación después de haber sido linealizado mediante digestión NdeI y ScaI.

FIG. 1.

Construye para el análisis de T. thermophilus poliploidía HB8. (A) ElJRN (i) y los polX (ii) los mutantes de genes nula en T. thermophilusHB8. El gen fue suprimido por el reemplazo con el Hm r y el Km r o el Hm r y Bm r marcador. La figura superior representa el cromosómica...

B. subtilis BEST7003 se transformó con un pCISP401 + Hm r plásmido, en el que el Hm r se insertó amplificado por PCR en un sitio EcoRI de pCISP401 (Fig. (figura 1C),1C ), como se ha descrito previamente ( ). El pCISP401 + Hm r plásmido no es un plásmido para la B. subtilis sino más bien una E. coli plásmido que alberga el gen de la cloranfenicol para B. subtilis . Por lo tanto, como se muestra en la Fig. Fig.1C,1C , el transformante tetraciclina-sensible y resistente al cloranfenicol dio como resultado necesariamente en poseer el Hm r gen dentro de la región GpBR en el cromosoma y se utilizó para la cuantificación de la ploidía como un control haploide.

Hibridación de Southern.

ADN genómicos se prepararon por un método de líquido de aislamiento ( ), digerido por una enzima de restricción, y se usaron para análisis de hibridación de Southern. Las sondas para los análisis se prepararon mediante el uso de una región interna de Hm r , Km r , Bm r , o los genes eliminados amplificados por PCR como plantilla para la alta kit de marcaje de ADN primer DIG (Roche). En este trabajo, los resultados con el kilometro r o Bm r no se muestran sonda. Anti-DIG-fosfatasa alcalina fragmentos Fab y CDP-Star se utilizaron para la detección de acuerdo con las instrucciones del fabricante (Roche).

La cinética de separación de los cromosomas.

El Δ JRN cepa que lleva ambos cromosomas marcados por el Hm r y Km r o el Hm r y Bm r marcador se precultivó durante la noche a 70 ° C en medio que contiene tanto TR Km y Bm. Las células se recogieron, se lavaron con el medio TR libre de antibióticos, y luego se inocularon en el medio TR para el siguiente ensayo. Para determinar la cinética de separación de los cromosomas, la cultura a 70 ° C se tomaron muestras a intervalos regulares, y el número de células viables se determinó por recuento de las colonias en la placa TR libre de antibióticos. La resistencia a los medicamentos de cada colonia se caracteriza por restreaking en la placa que contiene kilometros o Bm.

La cuantificación de ploidía.

B. subtilis que poseen la Hm r secuencia se cultivaron en medio Spizizen a 20 ° C hasta la fase estacionaria en una densidad óptica a 600 nm (OD 600 ) de 0,7. Por otro lado, T.thermophilus HB8 que posea la Hm r y Bm r marcador se cultivó en medio sintético a 55 ° C hasta que el crecimiento exponencial (OD 600 de 0,8) o hasta la fase estacionaria (OD 600 de 1,7). La densidad celular se determinó con una cámara de conteo bacteriano y contando las colonias en placas. El B. subtilis células se mezclan con una cantidad específica de la T. thermophilus HB8 células en diversas proporciones, y de las mezclas, se prepararon ADNs genómicos como se describe anteriormente. Los ADN genómico fueron digeridos por KpnI y se utilizan para el sur de análisis con el Hm r sonda. Las señales correspondientes a la Hm r secuencia fueron detectados y cuantificados utilizando el Molecular Imager FX (Bio-Rad).

Determinación del número de copias pTT27.

En el Δ JRN cepa que lleva el Hm r y Bm r marcador, un gen TTHB090 o TTHB222 fue sustituido por el Hm r y el Km r marcador. La cepa resultante se cultiva en el medio sintético a 55 ° C hasta que el crecimiento exponencial (OD 600 de 0,8) o hasta la fase estacionaria (OD 600 de 1,7). El ADN genómico se preparó a partir de cada cultivo, digerido por KpnI, y se utiliza para el Sur de los análisis con el Hm r sonda. Detección y cuantificación se realizaron como se ha descrito anteriormente.

La tupaya de Belanger (Tupaia belangeri) es una especie de tupaya de la familia de lostupaidos.¹ Es originaria del sudeste de Asia. Fue elegida como uno de los 16 mamíferosde los cuales el genoma fue secuenciado por el Broad Institute. El genoma será útil para compararlo con otros genomas para identificar genes.

Tupaya de Belanger

Estado de conservación
Preocupación menor (UICN 3.1)¹
Taxonomía
Reino:	Animalia
Filo:	Chordata
Clase:	Mammalia
Orden:	Scandentia
Familia:	Tupaiidae
Género:	Tupaia
Especie:	T. belangeri (Wagner, 1841)
Distribución