bacterias

Saccharopolyspora erythraea, anteriormente conocido como Streptomyces erythraeus,¹ es una especie de bacteria del ordenActinomycetes, dentro del género Saccharopolyspora.

Saccharopolyspora erythraea es conocido por la producción del antibiótico macrólido eritromicina. El Citocromo P450 eryF (CYP107A1) original de la bacteria es el responsable de la biosintesis del antibiótico por la hidroxilación de C6 del macrólido 6-deoxieritronolida B.

El genoma secuenciado de la Saccharopolyspora erythraea comprende 8.212.805 pares de bases, las cuales codifican 7264genes. El genoma es circular, como el de los Actinomycetales patógenos Mycobacterium tuberculosis y Corynebacterium diphtheriae, a diferencia de los cromosomas lineales del Streptomyces coelicolor A3 y el estrechamente relacionadoStreptomyces avermitilis. El genoma del S. erythraea contiene al menos 25 grupos de genes para la producción de metabolitos secundarios conocidos o predichos para conferir resistencia a un rango de antibióticos comunes y muchas series de genes duplicados para soportar su estilo de vida saprofito. La disponibilidad de la secuencia genómica del S. erythraea proveera mejor entendimiento de su biología y facilitara el desarrollo racional de cepas que mejoren la producción de antibioticos de importancia clínica.

 Saccharopolyspora erythraea Genome Project Web Site

 
Courtesy of Jeremy Skepper, electron micrograph of S. erythraea mycelium growing on 2TY medium agar.

Introduction

Saccharopolyspora erythraea is the filamentous soil microbe, used for the industrial-scale production of the antibiotic erythromycin A, derivatives of which play a vital role in medicine. Here we present the complete genome sequence and annotation of the chromosome of this organism and the tools for viewing genome annotation data. The sequenced chromosome of this soil bacterium comprises 8,212,805 base pairs, predicted to encode 7,264 genes. It is circular, like those of the pathogenic actinomycetes Mycobacterium tuberculosis and Corynebacterium diphtheriae, but unlike the linear chromosomes of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2) and the closely related Streptomyces avermitilis. The S. erythraea genome contains at least 25 gene clusters for production of known or predicted secondary metabolites, at least 72 genes predicted to confer resistance to a range of common antibiotic classes and many sets of duplicated genes to support its saprophytic lifestyle. The availability of the genome sequence of S. erythraea will improve insight into its biology and facilitate rational development of strains to generate high-titre producers of clinically important antibiotics.

Purpose

This web site was created to keep you up to date with the progress of the S. erythraea Genome Sequencing and Analysis Project and bring you the most recent findings as they come out. Data updates, search results, new genes and maps are going to be announced here.

Updates

The site will be updated regularly, at least once per week. Feel free to revisit! :^)

Your input needed

I would greatly appreciate any comments, suggestions and additions to make this site really useful to all of us.
All the data on this site are the result of a research effort of a team at the DNA Sequencing Facility, Department of Biochemistry, Cambridge, UK) in conjunction with Prof. Peter Leadlay.

Saccharopolyspora erythraea es una vivienda suelo, Gram-positiva, rica en GC bacteria originalmente identificada como Streptomyces erythraeus , pero más tarde se asignó al género Saccharopolyspora ( 1 ). S. erythraea , como un excelente productor, produce un gran número de metabolitos secundarios con actividades biológicas, incluyendo algunos utilizado como antibióticos. Sin embargo, este microorganismo a menudo se debe mejorar genéticamente para mayor producción antes de que pueda ser utilizado en un entorno industrial. Históricamente, la mejora cepa se ha llevado a cabo empíricamente por múltiples rondas de mutagénesis aleatoria y cribado ( 2 ). Más recientemente, estas estrategias racionales de mejora cepa se benefician del apoyo de genómica, transcriptómica, proteómica, metabolómica y tecnologías ( 3 - 6 ). Desde 2007, cuando la secuencia completa del genoma de S. erythraea cepa NRRL 23338 se completó ( 7), muchos investigadores analizó la diferencia entre NRRL 23338 y mutantes a nivel del genoma y transcriptoma utilizando microarrays y la genómica comparativa tecnologías, así como otros métodos ( 8 - 12 ). La secuenciación de todo el genoma de S. erythraea ayudará a los científicos a entender mejor la regulación de la ruta de biosíntesis de eritromicina y su relación con otros genes, que a su vez permitan estrategias más sofisticadas para mejorar la producción de eritromicina. De acuerdo con la Base de Datos de Genomas OnLine (GOLD) ( 13 ), la secuenciación del genoma de la cepa hyperproducer industrial de este organismo no se ha hecho todavía, y sólo hay una completa y un proyecto de secuencia disponible para S. erythraea , en concreto, la de la cepa modelo S.erythraea NRRL 23338. Aquí, se presenta la secuencia de todo el genoma de la hyperproducer industrial fuerte mutador S. erythraea D. El análisis de la secuencia que nos puede ayudar a ganar una mayor comprensión de la variación genética total en S. erythraea y comprender el mecanismo de su alta producción de eritromicina con el fin de investigar las estrategias para mejorar aún más la tensión.

La secuenciación del genoma se realizó a través de la tecnología de Roche GS Junior. Roche 454-GS junior generado 167.320 lee (longitud media, ~ 519 nucleótidos) que proporcionó ~ 10 × cobertura de todo el genoma. Se aplicaron varios procedimientos de montaje, y la edición manual se realizó con los datos 454-GS Junior. El genoma fue anotado utilizando el IGS anotación del motor ( 14 ), y el NCBI genomas procariotas Anotación Pipeline (PGAP) 2.0 fue empleado para la presentación ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/ ).

El montaje final contiene 384 contigs, con una N ₅₀ contig longitud de 37.346 pb;los más grandes contigs ensamblados medida 152.774 pb. El genoma de S.erythraea D se compone de 79.374.806 pb, con un contenido medio de G + C de 71,23%. En comparación con NRRL 23338, se encontraron 304 mutaciones de alta confianza, en el que 100 mutaciones sin sentido se encuentran en una región de codificación, 141 mutaciones de sentido están situados en una región de codificación, y hay un pequeño fragmento de inserción / deleción, 59 mutaciones, y tres pequeño fragmento inserciones / deleciones situadas en una región no codificante.

Un análisis comparativo más detallado de este genoma con los de otros 23.338 cepas mutantes y NRRL proporcionará una mayor comprensión de las propiedades específicas de este alto productor de eritromicina.