árbol filogenético es un árbol que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común. Un árbol filogenético es una forma decladograma.
Además, un árbol filogenético sirve para determinar el número mínimo de divisiones necesarias para obtener una célula o tejido determinado. A partir de aquí, se pueden estudiar, por ejemplo, las mutaciones generadas a lo largo del proceso.- ..............................................................:https://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Especial:Libro&bookcmd=download&collection_id=de1d54ea4dee6f20985266ccf4c40e0281460c29&writer=rdf2latex&return_to=%C3%81rbol+filogen%C3%A9tico
ÁRBOL FILOGENÉTICO DE LOS SERES VIVOS
Según la clasificación natural de Linneo, las categorías taxonómicas y los cinco reinos de Margulis, los seres vivos se clasifican hoy en día de la siguiente manera:
I. VIRUS
II. MONERAS
III. PROTISTAS
IV. METAFITAS
- Talofitas
- Pseudocormofitas
- Briofitas
- Cormofitas
- Espermatófitas
- Angiospermas
V. HONGOS
VI. METAZOOS
- Diblásticos
- Triblásticos
- Invertebrados
- Artrópodos
- Vertebrados
Cómo utilizar el árbol para clasificar
Los biólogos utilizan los árboles filogenéticos para muchas cosas, entre ellas:
- Comprobar hipótesis sobre la evolución
- Aprender sobre las características de especies extintas y linajes ancestrales
- Clasificar los organismos
Utilizar las filogenias para la clasificación es un avance relativamente nuevo de la biología.
La mayoría de nosotros estamos acostumbrados al sistema de clasificación de Linneo que asigna a cada organismo un reino, filo, clase, orden, familia, género y especie. Entre otras posibilidades, para recordarlo puede utilizarse el método mnemotécnico Rosa Firma Cada Oración Fingiendo Gran Encomio. Este sistema se creó mucho antes de que los científicos comprendieran que los organismos evolucionan y no se basa en laevolución, por lo que la mayoría de los biólogos está cambiando a un sistema de clasificación que refleja la historia evolutiva de los organismos.
| Este sistema de clasificación filogenético nombra únicamente los clados (grupos de organismos que descienden de un antepasado común). Como ejemplo, vamos a fijarnos atentamente en los reptiles y las aves. |  |  |
| Podemos nombrar cualquier clado de este árbol siguiendo un sistema de clasificación filogenético: por ejemplo, los Testudines, los Escamosos, los Arcosauriomorfos y los Crocodiliarios, todos ellos forman clados. | |  |
| Pero, como se ve en el cladograma, los reptiles no forman un clado. Lo que significa que, o los «reptiles» no son un agrupamiento filogenético válido, o tenemos que empezar a pensar que las aves son reptiles. | |  |
| Otra cosa genial de la clasificación filogenética es que nos dice que los dinosaurios no se extinguieron del todo. De hecho, las aves son dinosaurios (forman parte del clado Dinosauria). Es estupendo pensar que podrías aprender algo sobre el T. rex estudiando las aves.
La creación del árbol
Como los árboles genealógicos, los árboles filogenéticos representan los patrones de ascendencia. Sin embargo, mientras que las familias tienen la oportunidad de registrar su propia historia a medida que va sucediendo, los linajes evolutivos no la tienen — en la naturaleza, las especies no vienen con papeles en los que se muestra su historia familiar. En su lugar, los biólogos tienen que reconstruir esas historias recogiendo y analizando pruebas, que luego utilizan para formular una hipótesis sobre cómo están emparentados los organismos — una filogenia.
Para construir un árbol filogenético, igual que el que véis a la derecha, los biólogos recogen datos sobre los caracteres de cada organismo que les interesa. Los caracteres son rasgos heredables que pueden compararse en distintos organismos, como características físicas (morfología), secuencias genéticas o rasgos del comportamiento.
Para construir la filogenia de los vertebrados, comenzamos por examinar representantes de cada linaje para conocer su morfología básica, si el linaje tiene vértebras o no, si tiene esqueleto óseo, cuatro extremidades, huevo amniótico, etc.
Aplicación de los caracteres derivados compartidos
Nuestro objetivo es encontrar pruebas que nos ayuden a agrupar los organismos en clados cada vez menos inclusivos. En particular, nos interesan los caracteres derivados compartidos. Un carácter compartido es aquél que tienen en común dos linajes y un carácter derivado es aquél que ha evolucionado en el linaje dando lugar a un clado, y que separa a los miembros de ese clado de otros individuos.
Los caracteres derivados compartidos pueden utilizarse para agrupar los organismos en clados. Por ejemplo, los anfibios, tortugas, lagartos, serpientes, cocodrilos, aves y mamíferos, todos tienen o han tenido en su historia cuatro extremidades. Si se mira a una serpiente actual puede que no se vean extremidades obvias, pero los fósiles muestran que las serpientes antiguas sí que tenían extremidades y algunas serpientes actuales mantienen, de hecho, extremidades rudimentarias. Tener cuatro extremidades es un carácter derivado compartido, heredado de un antepasado común, que ayuda a distinguir este clado de vertebrados concreto.
Sin embargo, la presencia de cuatro extremidades no es útil para determinar relaciones dentro del clado verde de arriba, ya que todos los linajes del clado tienen ese carácter. Para determinar las relaciones que se establecen dentro de este clado tenemos que examinar otras características que varíen entre los linajes del clado.
Árbol Filogenético
Un árbol filogenético es un árbol que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común . Un árbol filogenético es una forma de cladograma donde se usa información proveniente de fósiles, así como aquélla generada por la comparación estructural y molecular de los organismos .
Los árboles filogenéticos se construyen tomando en cuenta la teoría de la evolución, que nos indica que todos los organismos son descendientes de un ancestro común: la protocélula. Así, todos los organismos, ya sean vivos o extintos, se encuentran emparentados en algún grado.
-Tipos de árboles filogenéticos:
Árbol filogenético enraizado Es un árbol directo, con un único nódulo que corresponde al ancestro común más reciente de todas las entidades de las hojas del árbol. En la Figura se muestra un árbol filogenético enraizado coloreado de acuerdo con el "sistema de tres dominios". El método más común para enraizar los árboles es el uso de un grupo externo no controvertido y lo suficientemente cercano para permitir la inferencia de los datos de secuencia o rasgos, pero lo suficientemente lejano para ser un grupo externo evidente. 
Árbol filogenético sin raízIlustran la relación de los nódulos de las hojas sin hacer asunciones sobre ascendencia.Mientras que los árboles sin raíz siempre pueden ser generados a partir de árboles enraizados omitiendo la raíz, una raíz no puede ser inferida a partir de un árbol sin raíz sin algunos medios para identificar la ascendencia. Esto suele hacerse incluyendo un grupo externo en los datos entrantes o introduciendo asunciones adicionales sobre las tasas relativas de evolución en cada rama, como una aplicación de la hipótesis del reloj molecular.
Cladograma
Un cladograma es un diagrama representativo en la clasificación biológica taxonómica de los organismos, en el que se muestra la relación entre distintas especies según una característica derivada, resultado del análisis cladístico de una especie. Los cladogramas son importantes herramientas filogenéticas para el estudio de conceptos científicos. Los cladogramas son similares a los diagramas de huevos, o bien a los genogramas.
Sin embargo, éstos últimos contienen información de descendencia directa de individuos, mientras que un cladograma sólo representa una descendencia hipotética, además de ser de varias especies y no de organismos de una sola.
 
Un clado es la agrupación que incluye el ancestro común y todos sus descendientes, vivos o extintos. Estos conjuntos representan un grupo natural, pues su clasificación refleja la evolución del grupo. Un clado puede estar conformado por una especie o por miles. Los clados están anidados dentro de otros, lo cual refleja que la clasificación biológica es jerárquica.
En la imagen se muestra el parentesco entre una bacteria, un hongo, una mariposa, un pez, una lagartija y un ratón. Junto a la línea del cladograma se notan unos cuadros rojos que indican las características compartidas. La característica que está más en la base es el de estar formado por célula(s) eucariota(s), todos los linajes que se derivaron desde este punto, los que conducen a los hongos, las mariposa, los peces, las lagartijas y los ratones poseen esta característica; La segunda característica señalada en este cladograma es la presencia de tejidos animales, todas las ramificaciones que hay después de este punto, las que conducen a las mariposas, los peces, las lagartijas y los ratones, poseen esta nueva característica.
En la siguiente filogenia se muestra un evento de especiación que dio origen a dos linajes: Uno condujo a los musgos y otro llevó a los helechos, los pinos y los cerezos. Los musgos de hoy en día han acumulado la misma cantidad de tiempo de evolución que las plantas del otro linaje. Las especies de musgos actualmente existentes no son los antepasados de nuestros pinos y cerezos. Los musgos actuales son primos de las otras plantas.
 - Clasificación :El tipo de clasificación que usa cladogramas se denomina "sistema clasificación filogenética". Este sistema solo nombra grupos que contengan al ancestro del linaje y todos sus descendientes.
En el sistema de clasificación filogenético podemos nombrar los siguientes clados: Testudines (el cual incluye las tortugas), Squamata o escamosos (el cual incluye lagartos y serpientes), Archosauria (el cual incluye las aves, los dinosaurios no avianos, y los cocodrilos); El clado Crocodylomorpha incluye a los cocodrilos, caimanes y gaviales. Notemos también que el clado Crocodylomorpha está anidado en el clado Archosauria.
Si recordamos que un clado debe contener a todos los descendientes de un mismo ancestro podremos afirmar que el grupo "reptiles" no tiene validez como clado, pues dejaríamos por fuera a las aves.
 En el sistema de clasificación de Linneo los grandes simios y el hombre estaban ubicados en dos familias separadas: Póngidos para los orangutanes, gorilas, y chimpancés y Homínidos, reservada exclusivamente para el hombre. Sin embargo, los análisis genéticos señalaban que el hombre está cercanamente emparentado con el chimpancé y que comparte un antepasado común más cercano con este que con los otros simios. La antigua familia Pongidae no es un clado porque no incluye a todos los descendientes de un mismo ancestro; Deja por fuera al hombre. Por esta razón ahora se ubican los grandes simios y el hombre en la misma familia: Hominidae.
El siguiente cladograma representa las relaciones filogenéticas entre los diversos filos de animales. Está basada en la segunda edición de Brusca & Brusca (2005); se trata de una hipótesis filogenética "clásica" en la que se reconocen los grandes clados admitidos tradicionalmente (pseudocelomados, articulados, etc.) y asume la teoría colonial como la explicación sobre el origen de los metazoos.
El siguiente esquema representa al cladograma de los seres vivos con especial atención a los eventos que generaron la aparición de las plantas verdes
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