Evolución

Se llama bacteria comedora de nylon a una cepa de flavobacterias que es capaz de digerir ciertos subproductos de la manufactura del nylon 6. Esta cepa de Flavobacteriumidentificada como Sp. KI72, se volvió popularmente conocida como la bacteria comedora de nylon, y las enzimas que esta bacteria utiliza para digerir a las moléculas hechas por el hombre, tomaron el nombre popular de nylonasas.- ...................................:http://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Especial:Libro&bookcmd=download&collection_id=0d80b871f38c1e4beee8a1b756a4766f37a5580f&writer=rdf2latex&return_to=Bacteria+comedora+de+nylon

BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix, o matriz de sustitución de bloques de aminoácidos) es una matriz de sustitución utilizada para el alineamiento de secuencias de proteínas. BLOSUM se usa para puntuar alineamientos entre secuencias de proteínas evolutivamente divergentes. Se basa en alineamientos locales, y se introdujo en 1992 por primera vez en un artículo de Henikoff y Henikoff.¹ Recorrieron la base de datos BLOCKS analizando regiones muy conservadas de familias de proteínas (sin huecos en el alineamiento de secuencias) y comprobaron las frecuencias relativas de aparición de los aminoácidos y las probabilidades de sustitución entre ellos. Seguidamente calcularon una puntuación de log-probabilidad para cada una de las 210 posibles sustituciones de los 20 aminoácidos estándar. Todas las BLOSUM se basan en alineamientos observados, y no son extrapoladas de comparaciones de proteínas cercanamente relacionadas (como es el caso de las matrices PAM, obtenidas al multiplicar por sí misma un determinado número de veces una matriz inicial).

Existen bastantes conjuntos de matrices BLOSUM que utilizan diferentes bases de datos de alineamientos, y que se nombran con números. Las BLOSUM seguidas de un número alto están diseñadas para comparar secuencias cercanamente relacionadas, mientras que las BLOSUM con número bajo están diseñadas para comparar secuencias relacionadas de forma distante. Por ejemplo, BLOSUM 80 se usa para alineamientos menos divergentes, mientras que BLOSUM 45 se usa para alineamientos más divergentes. Las puntuaciones dentro de una matriz BLOSUM corresponden a log-probabilidades que reflejan, en un alineamiento, el logaritmo de la razón de la probabilidad de la aparición de dos aminoácidos de una forma biológicamente intencionada o aceptada (residuos homológos; este numerador es la probabilidad de la hipótesis que queremos contrastar) y la probabilidad de su aparición por casualidad (el denominador es la probabilidad de la hipótesis nula).² Las matrices se basan en el mínimo porcentaje de identidad de la secuencia de proteína alineada usada al calcularlas (por ejemplo. BLOSUM 45 correspondería a alineamientos con al menos un 45% de identidad).³ A cada posible identidad o sustitución se le asigna una puntuación basada en las frecuencias observadas en el alineamiento de proteínas relacionadas.⁴ Se da una puntuación positiva a las sustituciones más probables, mientras que corresponde una puntuación negativa para sustituciones menos probables.

BLOSUM 62 es la matriz calculada usando las sustituciones observadas entre proteínas que tienen, como mínimo, el 62% de identidad en la secuencia, y se ha convertido en el estándar de la mayoría de los programas que utilizan este tipo de matrices.²

BLOSUM ha demostrado actuar mejor en la puntuación de secuencias distantemente relacionadas que las otrora ampliamente usadas matrices Point Accepted Mutation (PAM).⁵

Para calcular una matriz BLOSUM se usa la siguiente ecuación:

Aquí,  es la probabilidad de que dos aminoácidos  y  reemplacen uno al otro en una secuencia homóloga, mientras que  y  son las probabilidades últimas de encontrar los aminoácidos  y  en cualquier secuencia de proteína de forma aleatoria. El factor  es un mero factor de escala para asegurar que, tras su aplicación y la de un necesario redondeo al entero más cercano, la matriz contenga valores enteros dispersos y fácilmente tratables. De acuerdo a la definición vista, el logaritmo de la ecuación (el resultado de la ecuación, en definitiva) será positivo siempre que el cociente sea mayor de uno. Esto significará que la probabilidad de alineamiento entre los dos aminoácidos en una determinada secuencia se dará con mayor frecuencia que la que podríamos esperar por la mera casualidad. En resumen: esta sustitución es aceptada (en mayor o menor grado, de acuerdo a sus resultados estadísticos) por la evolución. Por el contrario, un logaritmo nulo o negativo implica que las sustituciones se dan al mismo (o menor) ritmo que las esperadas aleatoriamente.

La biología forestal es una de las ciencias naturales y métodos científicos que tiene como objetivo aporta teorías sobre la biología y botánica moderna, origen de la Tierra y lavida, características de los seres vivos, la clasificación de los organismos, los reinos, niveles de organización y la genética de la micro-evolución de individuos dentro de una misma especie como adaptación a ambientes favorables (lluviosos, templados y con buenos suelos) o desfavorables (seco o fríos, con suelo erosionado o poco fértil) es de aplicación a la elección de la mejor procedencia de una especie para una repoblación forestal. Los árboles que viven en ambiente favorable (semilla f) suelen ser capaces de aprovechar al máximo las buenas condiciones y de adaptarse a cambios ambientales transitorios, pero no tienen por qué estar igual de bien adaptados a sufrir la sequía o la escasez de recursos de forma continuada. Del mismo modo, poblaciones de la misma especie que han vivido durante muchas generaciones en sitios difíciles (semilla d) han logrado adaptarse a ese medio dedicando gran cantidad de recursos al ahorro de agua, a mantener una raíz profunda y a acumular reservas de agua y nutrientes, lo que les hace muy tolerantes a la escasez, pero poco capaces de aprovechar condiciones más favorables.

También, desempeña sus actividades en instituciones públicas y privadas relacionadas con diferentes ámbitos: investigación y educación ambiental, agropecuaria, pesquera, de la salud, acuacultura, agroindustria, industria farmacéutica, industria alimentaria, de servicios, consultorias, estudios de geografía e informática, reservas y parques naturales, entre otros.

La biología reproductiva de los árboles y otras plantas del bosque es uno de los temas más apasionantes de la biología tropical, con desarrollos sorprendentes en un lapso de tiempo muy corto. Solo han transcurrido unas cuatro décadas desde las primeras hipótesis que trataban de explicar la diversidad apabullante de estrategias y relaciones de las especies tropicales con base en los paradigmas de las simples relaciones reproductivas de las especies de las zonas templadas (Fedorov 1966), hasta la consolidación de nuevas hipótesis basadas en gran cantidad de observaciones de campo y en la aplicación de métodos más complejos como técnicas moleculares avanzadas (Chase et al. 1996). Existe una enorme diversidad en los sistemas sexuales y de cruzamiento, en los patrones de floración y fructificación, en los síndromes de polinización y dispersión de semillas y en el establecimiento de las plántulas de las especies forestales tropicales, como se describirá en este documento. Poco a poco se ha ido entendiendo la complejidad de los procesos reproductivos de las plantas de estos ecosistemas, donde las relaciones con la fauna tienen un papel fundamental y son el resultado de presiones selectivas variadas que empezaron a estructurarse desde la aparición de las angiospermas hace más de 125 millones de años (Crane et al. 1995) La biología reproductiva tiene interés desde el punto de vista teórico para la comprensión del funcionamiento de los ecosistemas tropicales. Ayuda a entender por ejemplo la manera como la estructura interna de las comunidades permite el desarrollo de intrincados procesos que son críticos para la sobrevivencia de las especies, así como los mecanismos de ajuste a la variación de los factores ambientales en una escala mucho más fina que aquella determinada por la estacionalidad de los bosques templados (van Schaik et al. 1993, Reich 1995). Pero también tiene importantes aplicaciones prácticas. El conocimiento de estos procesos es fundamental para el manejo de los bosques tropicales y la obtención de los diferentes productos que se derivan de ellos (Bawa et al. 1990). Desde el aprovechamiento más convencional de los bosques naturales para la extracción de madera, muchos de cuyos sistemas se basan en el manejo de la regeneración natural, la extracción sostenible de productos forestales no maderables como frutas, semillas, flores, animales y materias primas variadas, el manejo de cualquier especie cuyas poblaciones es necesario mantener, hasta la restauración de ecosistemas y la obtención de muchos otros servicios del bosque como la regulación hídrica o la absorción de CO2 , el principal gas de efecto de invernadero. -