ENZIMAS DE ESTRUCTURA CONOCIDA

En enzimología , una 2,2-dialquilglicina descarboxilasa (piruvato) ( EC 4.1.1.64 ) es una enzima que cataliza la reacción química.

2,2-dialquilglicina + piruvato $${\ displaystyle \ rightleftharpoons}dialquil cetona + CO ₂ + L-alanina

Así, los dos sustratos de esta enzima son 2,2-Ndialquilglicina y piruvato , mientras que sus 3 productos son cetona de dialquilo , CO ₂ , y L-alanina .

Esta enzima pertenece a la familia de las liasas , específicamente las carboxilasas, que escinden los enlaces carbono-carbono. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es 2,2-dialquilglicina carboxilasa (formadora de L-alanina que transfiere amino) . Otros nombres de uso común incluyen dialquil amino ácido (piruvato) descarboxilasa , alfa-dialquil aminoácido transaminasa , 2,2-dialquil-2-aminoácido-piruvato aminotransferasa , L-alanina-alfa-cetobutirato aminotransferasa , dialquilamino-ácido descarboxilasa (piruvato ) y 2,2-dialquilglicina carboxilasa (transferencia de amino) . Emplea un cofactor ,fosfato de piridoxal .

En enzimología , una 2,3-dihidro-2,3-dihidroxibenzoato deshidrogenasa ( EC 1.3.1.28 ) es una enzima que cataliza la reacción química.

2,3-dihidro-2,3-dihidroxibenzoato + NAD ⁺ $${\ displaystyle \ rightleftharpoons}2,3-dihidroxibenzoato + NADH + H ⁺

Por lo tanto, los dos sustratos de esta enzima son 2,3-dihidro-2,3-dihidroxibenzoato y NAD ⁺ , mientras que sus 3 productos son 2,3-dihidroxibenzoato , NADH y H ⁺ .

Esta enzima pertenece a la familia de las oxidorreductasas , específicamente aquellas que actúan en el grupo de donantes CH-CH con NAD + o NADP + como aceptor. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es 2,3-dihidro-2,3-dihidroxibenzoato: NAD + oxidorreductasa . Esta enzima también se llama 2,3-DHB deshidrogenasa . Esta enzima participa en la biosíntesis del grupo sideróforo no ribosómico .

Estructura [ editar ]

Estructura monomérica de la 2,3-dihidro-2,3-dihidroxibenzoato deshidrogenasa.

La 2,3-diDHB deshidrogenasa es una proteína tetrámero con una dimensión de 65x69x43 Å. ^[2] Tiene una simetría cristalográfica 222, que se exhibió para otros miembros de la familia de enzimas oxireductasa de cadena corta (SCOR). ^[2] La longitud de cada monómero es de 248 residuos y el peso de la proteína es de 24647 Da. ^[3] Cada monómero consta de 7 láminas plegadas en beta y 6 hélices alfa.

Aunque la estructura de la proteína de unión no está claramente definida, se propuso que la bolsa de unión esté hecha de Leu83, Met85, Arg138, Gly140, Met141, Ser176, Met181, Gln182 y Leu185. También se especuló que Arg138 es una subunidad probable que interactúa con el grupo carboxilo de 2,3-diDHB. Como había una fuerte indicación de oxidación en la posición C3, ^[4] Ser176 y Gln182 interactúan con el grupo C2-hidroxilo para que ocurra la reacción estereoselectiva. ^[2]

Mecanismo de reacción [ editar ]

Esquema de reacción para la 2,3-diDHB deshidrogenasa.

En tiempos de cantidad limitada de hierro en el medio ambiente, la reacción de EntA es irreversible fisiológicamente. ^[4] Se desconoce el mecanismo exacto de la reacción; sin embargo, el esquema de reacción propuesto para la reacción es el siguiente:

Velocidad de reacción [ editar ]

La velocidad de la reacción de conversión está determinada por varios factores. La posición regioquímica del grupo carboxilo y el grupo 3-hidroxilo desempeña un papel en la reacción, en la que la velocidad de reacción del sustrato sustituido con 1,3- cis proporciona un valor de k _cat / K _m aproximadamente 40 veces mayor que el 1 , Sustrato 3-trans-sustituido. 

En enzimología , una 2,3,4,5-tetrahidropiridina-2,6-dicarboxilato de N-succiniltransferasa ( EC 2.3.1.117 ) es una enzima que cataliza la reacción química.

succinil-CoA + (S) 2,3,4,5-tetrahidropiridina-2,6-dicarboxilato + H ₂ O$${\ displaystyle \ rightleftharpoons} CoA + N-succinil-L-2-amino-6-oxoheptanedioato

Los 3 substratos de esta enzima son succinil-CoA , (S) 2,3,4,5-tetrahidropiridina-2,6-dicarboxilato , y H ₂ O , mientras que sus dos productos son CoA y N-succinil-L-2 -amino-6-oxoheptanedioato .

Esta enzima pertenece a la familia de las transferasas , específicamente aquellos grupos de transferencia de aciltransferasas que no son grupos aminoacilo. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es succinil-CoA: (S) -2,3,4,5-tetrahidropiridina-2,6-dicarboxilato N-succiniltransferasa . Otros nombres en uso común incluyen succinilasa tetrahydropicolinate , tetrahidrodipicolinato N-succiniltransferasa , succiniltransferasa tetrahidrodipicolinato , succinil-CoA: tetrahidrodipicolinato N-succiniltransferasa , succinil-CoA: 2,3,4,5-tetrahidropiridina-2,6-dicarboxilato , y N-succiniltransferasa. Esta enzima participa en la biosíntesis de lisina .

En enzimología , una reductasa de 2,5-didehidrogluconato ( EC 1.1.1.274 ) es una enzima que cataliza la reacción química.

2-deshidro-D-gluconato + NADP ⁺ $${\ displaystyle \ rightleftharpoons}2,5-didehidro-D-gluconato + NADPH + H ⁺

Por lo tanto, los dos sustratos de esta enzima son 2-deshidro-D-gluconato y NADP ⁺ , mientras que sus 3 productos son 2,5-didehidro-D-gluconato , NADPH y H ⁺ .

Esta enzima pertenece a la familia de las oxidorreductasas , específicamente aquellas que actúan sobre el grupo de donantes CH-OH con NAD ⁺ o NADP ⁺ como aceptor. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es 2-deshidro-D-gluconato: NADP ⁺ 2-oxidorreductasa . Otros nombres de uso común incluyen 2,5-diceto-D-gluconato reductasa y YqhE reductasa .