Reacciones orgánicas

 Degradación de Bergmann es una serie de reacciones orgánicas diseñado para remover un sólo aminoácido en el extremo carboxílico de un péptido.^1 2

La acilazida del péptido (1) se somete a una transposición de Curtius en presencia de un alcohol bencílico (2) para dar un carbamato de bencilo (3). El grupo benciloxicarbonil intermediario 3 es eliminado por hidrogenolisis para dar una amida nos sustituida (4) y un aldehído (5 ).

degradación de Edman, desarrollada por Pehr Edman, es un método de secuenciación deaminoácidos en un péptido.¹ En este método, el residuo amino terminal se etiqueta y se separa del péptido sin afectar a los enlaces peptídicos entre los otros residuos.

Mecanismo

En medio básico, se provoca la reacción del extremo amino con fenilisotiocianato para formar un péptido feniltiocarbamilado. A continuación, se aplica un medio ácido para que el tiocarbamoíloforme un ciclo de 5 miembros (feniltiohidantoína) con el carbonilo del enlace peptídico adyacente. De este modo, se obtiene un péptido más corto, con un nuevo extremo amino y la feniltiohidantoína del primer aminoácido.

Limitaciones

No es posible secuenciar péptidos cuyo extremo N-terminal se encuentre bloqueado (grupo aminoacetilado, formilado, etc). Alrededor del 50% de las proteínas tienen el extremo amino bloqueado, bien por naturaleza o por su preparación, en tampones con sustancias susceptibles de reaccionar con este: (cianato, ácido acrílico, aldehído...). Otra limitación de la degradación de Edman es que el rendimiento no es del 100% y por tanto cuando ya se llevan hechos muchos ciclos (más de 50 aminoácidos analizados) se obtienen errores.

Degradación de Gallagher-Hollander (1946) es un método de síntesis orgánica en donde el ácido pirúvico se remueve de un ácido carboxílico alifático lineal produciendo un ácido nuevo con dos átomos de carbono menos.¹ La publicación original se refiere a la conversión de ácidos biliares en una serie de reacciones:

1) La formación del cloruro de ácido (2) con cloruro de tionilo.

2) La formación de la diazocetona (3) con diazometano.

3) La formación de la clorometilcetona (4) con ácido clorhídrico.

4) La reducción con cloro a la metilcetona (5)

5) La halogenación de la cetona a (6)

6) La reacción de eliminación con piridina a la enona 7

7) La oxidación con trióxido de cromo para dar el ácido bisnorcolánico.

degradación de Wohl¹ en la química de carbohidratos es un método de acortamiento de la cadena carbonada de las aldosas. El ejemplo clásico es la conversión de la glucosa en arabinosa en lo que es un proceso por etapas:

La D-glucosa 1 es convertida en la oxima 2 mediante la reacción con hidroxilamina. En la siguiente etapa empleando anhídrido acético se forma el intermedio acetilado3, que es inestable y elimina ácido acético dando lugar al nitrilo correspondiente 4.² Por tanto con el anhídrido acético lo que se logra es deshidratar la oxima. A continuación se retiran los grupos éster mediante transesterificación con MeONa/MeOH, lo que conduce a la cianhidrina 5, que directamente en estas condiciones descompone originando la D-arabinosa 6.